SnapGene Viewer(多功能DNA图谱分析软件)

　　SnapGene Viewer是一款多功能分子克隆与DNA分析工具，具有与完全启用的SnapGene软件相同的丰富可视化，注释和共享功能这；因为查看数据应该没有障碍，此版本成为了革命性的软件应用程序，它使分子生物学家可以创建，浏览和共享长达1 Gbp的注释丰富的DNA序列文件；它是规划，可视化和记录日常分子克隆程序的最简便方法，可以提高准确性，同时加快移动速度，从而节省时间和金钱，优雅，信息丰富的窗口，可用于模拟常见的克隆和PCR方法，清晰的视觉示意图可让您准确了解如何将您的结构组合在一起，SnapGene通过跟踪DNA甲基化和磷酸化等细节来帮助您识别和避免常见的错误步骤；直观的技术可以识别克隆程序中的设计缺陷，以便可以纠正它们，使用用户自己的引物模拟标准PCR，或允许SnapGene自动设计它们，专业的克隆工具可确保针对所有主要分子克隆技术进行快速准确的构建设计；支持自动查看质粒特征，使用SnapGene的精选特征数据库或您自己的自定义特征注释质粒上的特征，在质粒图谱上或序列视图中详细显示酶位点，特征，引物，ORF，翻译等，使用灵活的注释和可视化控件自定义地图；可以使用比对工具检查序列，使用强大的对齐参考工具验证序列化结构与模拟结构是否匹配，使用可信赖的算法对序列进行成对和多重比对，包括Clustal Omega，MAFFT，MUSCLE和T-Coffee，使用CAP3将Sanger测序组装成完整的重叠群！

软件功能

　　5.2版提供了可视化和性能增强。

　　更新内容包括GC内容可视化，支持查找相似的DNA序列，在琼脂糖凝胶中模拟超螺旋DNA迁移

　　支持ssDNA序列以及Sequencher文件导入。

　　GC内容显示

　　一个GC含量颜色或线图现在可以显示在地图视图，基地可以通过GC或AT序列图进行着色。

　　查找相似的DNA序列

　　当搜索DNA序列时，可以发现包含缺口或碱基不匹配的不完全匹配，并且搜索性能得到了优化。

　　超螺旋DNA迁移

　　当模拟琼脂糖凝胶，未切割的圆形序列的迁移可以可视化，和超螺旋MW标记物都可以使用。

　　ssDNA序列

　　现在可以创建或导入单链DNA（ssDNA）序列，并支持特征注释和序列操作。

　　优化的历史记录视图

　　当编辑序列时，历史记录将被压缩以允许有效存储以及对大序列进行撤消。

　　其他蛋白质特征类型

　　支持的蛋白质特征类型集已得到扩展，包括对misc_feature类型的支持。

软件特色

　　逼真的琼脂糖凝胶模拟

　　借助SnapGene基于经验的凝胶模拟算法，完全可视化您在实验室中看到的内容

　　所有凝胶元件的灵活配置，包括泳道数量，琼脂糖百分比，运行时间和全套MW标记

　　记录并识别您感兴趣的频段，并提供每个泳道的详细片段信息

　　配置为自动记录和轻松进行数据交换

　　自动创建图形历史记录

　　直观记录实验程序和文件更改

　　在历史记录，地图和序列视图中显示历史记录颜色

　　嵌入文档中的完全可复现的序列历史记录

　　美丽的地图、放大染色体、引物结合位点

　　酶的位点和性质、序列跟踪查看器

　　限制网站概述、清除甲基化指标

　　基因融合阅读框、功能和底漆清单

　　多功能文件转换、自动功能注释

　　全面的“撤消”功能

　　历史记录概述、历史颜色编码、嵌入祖先序列

　　转换和共享数据

　　存储，搜索，共享和组织您的序列，文件和图谱

　　与存储在可共享驱动器，服务器或云服务中的集合中的序列协同工作

　　轻松读取和导出许多序列，注释和其他元数据 常用文件格式

软件优势

　　探索SnapGene强大的功能集，旨在增强您的日常

　　分子克隆程序、分子克隆、限制性克隆、网关克隆

　　NEBuilder HiFi组装、流行克隆。TA和GC克隆、TOPO克隆、底漆

　　将两个寡核苷酸退火以形成双链产物

　　PCR和诱变、模拟PCR、重叠延伸PCR、引物定向诱变

　　酶组“预定义的酶组-由公司或刀具

　　创建自定义酶集、查看详细的酶信息

　　对甲基化敏感性和相关错误预防的丰富支持

　　转换文件格式、对齐格式、CLC生物、克隆管理员

　　DNA Strider、脱氧核糖核酸、DNAssist、DNASTARLasergene®

　　DS基因、EMBL（ENA）、酶X、GenBank / DDBJ、基因构建试剂盒®

　　慷慨的基因工具、基因组编译器、海蜇、MacVector、pDRAW32

　　串行克隆、瑞士保护区、VectorNTI®、视觉克隆、琼脂糖凝胶模拟、模拟琼脂糖凝胶

　　模拟限制摘要、模拟PCR扩增、大量的MW标记、功能/注释

　　创建和编辑功能、自动标注常用功能、手动注释新功能

　　选择替代密码子、功能翻译的复杂编号、支持核糖体滑脱

　　翻译、查看和编辑翻译后的功能、全序列翻译

　　检查阅读框是否有基因融合、从DNA制造蛋白质、反向翻译（来自蛋白质）

　　对准：将DNA序列与参考序列进行比对、验证克隆或诱变

　　将cDNA与染色体对齐、成对和多序列DNA和蛋白质比对

　　选择对齐算法-Clustal Omega，MAFFT，MUSCLE，T-Coffee

　　重叠群、可视化、查看DNA序列的多个视图

　　大序列支持-浏览染色体大小序列

　　编辑DNA和蛋白质序列、颜色代码序列

　　历史追踪、全面的“撤消”功能

　　查看产品的图形历史记录

　　使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改

　　数据管理、进口于 常用文件格式 包括注释和注释

　　导出为标准格式、创建和共享收藏集、与SnapGene Viewer共享数据

　　运行批处理操作、搜索、搜索DNA或蛋白质序列、搜索酶，特征或引物

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　5、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮

　　6、现在准备安装主程序，点击安装按钮开始安装

　　7、弹出应用程序安装进度条加载界面，只需要等待加载完成即可

　　8、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

使用教程

　　打开首选项

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　选中“默认情况下全屏打开Windows”选项。

　　选中此“首选项”选项并导入文件时，将选中“描述面板”选项并显示“描述面板”。

　　设置背景色

　　如何更改SnapGene窗口的背景颜色？

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　单击“背景色”下拉菜单，从预定义的颜色列表中进行选择，或选择“更多颜色...”以定义自定义背景色。

　　设置新文件的默认字体大小

　　打开首选项

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　使用“新文件的默认字体大小”下拉菜单设置默认字体大小。

　　（注意：要更改现有文件中的字体大小，请单击查看 →字体大小。）

　　设置默认的变形应变

　　打开首选项

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　使用“默认转化菌株”下拉菜单来设置默认的大肠杆菌菌株。列出了每种菌株的甲基化性质。

　　编辑默认应变列表

　　默认情况下，SnapGene提供12种常用大肠杆菌 菌株的列表。

　　但是，该软件包括一个包含200多种大肠杆菌的数据库。

　　要将其他菌株添加到默认列表中，请单击下拉菜单，然后选择“编辑菌株列表...”。

　　在“编辑菌株列表”对话框中，使用复选框选择默认情况下将在下拉菜单中显示的菌株。

　　在“描述面板”或克隆窗口中选择“细菌转化菌株”时，将显示默认列表。

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　要禁用检查更新，请取消选中标有“检查更新”的框。

　　要更改时间间隔，请使用下拉菜单选择是每天，每周还是每月检查一次。

　　要立即检查更新，请单击立即检查 按钮。

　　要自动下载新更新（如果可用），请选中标有“自动下载更新”的框。

　　选择SnapGene是否发送匿名统计信息和崩溃报告

　　如何关闭自动向软件开发人员发送匿名使用情况统计信息和崩溃报告的功能？

　　默认情况下，SnapGene发送匿名使用情况统计信息和静默崩溃报告，以协助软件的持续开发和改进。

　　没有报告机密信息。报告永远不会包含注释或序列数据。

　　打开首选项

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　取消选中标记为“发送匿名统计信息和静默崩溃报告”的框。

　　您可以通过单击“详细信息” 链接查看报告的匿名信息。

　　如下表所示，可以在SnapGene中禁用许多警告消息。

　　使用“重置警告”可以恢复所有警告消息。然后，您可以再次关闭单个消息。

　　打开首选项

　　单击SnapGene→首选项（macOS）或编辑→首选项（Windows或Linux）。如有必要，请在侧栏中选择“常规”。

　　单击“重置警告” 按钮以重置所有警告消息。

　　警告信息列表

　　下表列出了可以禁用的SnapGene警告消息。

　　请注意，某些警告仅在SnapGene运行时才被禁用，并且某些警告是特定于操作系统的。

　　警告消息的原因警告信息文字

　　打开GenBank文件时，该文件标记为线性，但可能是圆形的。

　　“ file_name被标记为线性，但看起来像质粒。它实际上是圆形的吗？”

　　尝试打开由较新版本的SnapGene创建的文件时。

　　“该文件是使用较新版本的SnapGene制成的，可能无法正确打开。”

　　当尝试比对具有内部终止密码子的蛋白质序列时。

　　某些比对序列具有内部终止密码子。唯一保留终止密码子的比对算法是Clustal Omega。”

　　尝试使用T型咖啡比对大量序列时。

　　“比对大量序列时，T-Coffee会变慢。继续比对吗？”

　　从未编辑的比对开始重新编辑多序列比对时。

　　“编辑原始file_name对齐方式将删除您先前对该对齐方式所做的编辑。”

　　保存到LabArchives ELN时。

　　文件已成功保存到LabArchives。”（另存为）或“更改已成功保存到LabArchives。”（保存）。

　　关闭已自动更新为新格式（但尚未保存）的文件时。

　　“ file_name使用旧的文件格式。要在关闭前更新文件格式吗？其他什么都不会改变。”

　　在Linux上运行时，Verdana字体不可用。“ SnapGene使用的计算机上未安装字体。缺少字体：Verdana。”

　　文件历史记录过大时。

　　“该文件的历史树具有超过25个级别的祖先。较大的历史树会增加文件大小并降低软件速度。

　　要自动限制历史树，请使用“偏好设置”的“常规”选项卡中的复选框控件。”

　　尝试复制翻译以选择DNA序列时。

　　“复制的蛋白质序列来自阅读框+1。要复制特定的蛋白质序列，请选择翻译的特征或ORF或一段密码子。”

　　尝试复制未标记为DNA的DNA功能的翻译时。

　　“复制的蛋白序列将通过阅读框架。要看到的蛋白质序列，翻译所选择的特征。”

　　尝试去除特征或底漆时。

　　“要删除所选 功能/底漆吗？ Ť他的DNA /蛋白质序列不会受到影响“。

　　尝试编辑长序列时。

　　“大于1000 kb的插入和删除操作不可撤消。”

　　尝试查看多个特征中未全部标记为已翻译的密码子频率时。

　　“密码子频率将仅针对翻译后的特征显示。”

　　尝试在目录名或文件名中输入禁止字符时。 “很抱歉，文件/目录名称中不允许使用该字符。”

　　添加与ORF对应的非翻译DNA特征时。“该功能看起来像一个编码序列。应该在序列视图中进行翻译吗？”

更新信息

　　此版本的新功能：

　　修正了回归，以使“复制”命令时，选择了比对的序列的一部分

　　修正，可以防止从正在显示蛋白质的搜索结果的一个问题

　　改进的许可协议和对准多个序列窗口的大小和位置

　　受保正确打开GenBank文件，以省略LOCUS行中的分子类型

　　修复了一个可能阻止使用缺少可选前导核酸的atR Gateway站点的问题

　　修复了使用连接点位于或非常接近数字的Gateway片段的问题源

　　确保“打开最近的文件”和“打开收藏集”菜单中包含位于网络驱动器上的文件和收藏集

　　修复了在序列视图中显示密码子和ORF选择的各种故障

　　改进了macOS 11 Big Sur上选项卡的外观

　　纠正了回归，以确保使用迷你地图或其他视图进行的选择在序列视图中自动滚动

　　纠正了回归确保在与参考DNA序列比对的序列中显示限制性酶切位点

　　修复了导致有时不显示ORF的问题

　　确保在离开并返回到序列视图或图谱视图后，“查找”匹配项仍然突出显示

　　确保恢复“查找相似的DNA序列”控件后，显示“查找”匹配

　　确保回文式“查找”匹配在两条链中都突出显示

　　确保正确显示“查找相似的DNA序列”匹配项，并匹配数字原点

　　改进了在选择“隐藏非切割剂”复选框时搜索非切割剂时“选择酶”窗口中搜索框的行为

　　修复了以下问题检测由用户自定义的网关站点

　　修复了在执行BP或LR克隆后注释位于数字原点附近的网关站点的问题

　　确保可靠地从SwissProt文件导入功能

　　确保可靠地打开包含有限标题的SwissProt文件信息

　　纠正了回归问题，以强制在“新DNA文件”和“新蛋白质文件”对话框中使用正确的字体

　　确保在Linux的“窗口”菜单中准确显示多个序列比对文件名

　　在macOS Big Sur上安装软件更新时提高了可靠性