FCSalyzer(流式细胞仪数据分析程序)

　　FCSalyzer提供细胞数据分析功能，可以将FCS类型的数据添加到软件分析，让用户可以更直观的查看数据，方便在电脑上分析细胞，这款软件基于Java开发，软件是jar格式，在启动软件之前需要确保电脑已经安装JRE获得是jdk环境才能直接启动FCSalyzer.jar，进入主程序就可以查看数据分析界面，加载FCS数据或者是细胞仪数据到软件就可以设置分析参数，可以通过函数图像显示分析结果，可以在正弦函数图像显示细胞数据；软件支持多种细胞仪，提供Partec流式细胞仪、Stratedigm流式细胞仪、Sysmex倍性分析仪，这些数据都可以加载到软件查看！

软件功能

　　FCSalyzer可打开来自不同细胞仪和细胞仪软件的多种FCS数据文件格式。用户可能必须将数据文件从相应的采集软件导出到FCS标准（最好是FCS3）。

　　来自以下流式细胞仪的数据文件似乎大部分可用：

　　-BD-迄今为止所有经过测试的机器，包括Accuri

　　-Cytek

　　-Thermo Scientific Attune

　　-Beckman Coulter：青色，Cytomics FC 500，Gallios，XL（系统II）

　　-Beckman Coulter：MoFlo：用户应仔细检查FCSalyzer是否正确打开文件

　　-索尼iCyt Eclipse

　　-Millipore Guava：可能无法正常工作

　　-Miltenyi MACSQuant：用户应仔细检查FCSalyzer是否正确打开文件

　　-Partec Pas

　　- Stratedigm S1400

　　- Gemstone software

　　- Sysmex Ploidy Analyzer

　　提供Logicle数据量表及其倒数的实现。Logicle数据量表是反双曲正弦函数或的推广arcsinh。就像arcsinh对大数据值是对数的一样，它在零附近呈线性，在零附近对称，并且在对数和线性区域之间平滑变化。更普遍的是，线性区域的宽度可以独立控制。通过选择几十个要覆盖的数据范围，规模上的最大数据值和线性区域的宽度，可以对比例尺进行参数化。它用于流式细胞仪，其中存在最适合对数标度的大动态范围数据，以及其他分布在零附近且包括负值的数据，而普通对数标度不适合此数据。

软件特色

　　分析FCS2和FCS3列表模式文件。

　　您所看到的就是您所得到的 - 剧情被放置在一个分页的文档上。

　　点阵图、密度图和直方图--所有这些都带有覆盖层。

　　绘图可以与他们的统计资料重复

使用说明

　　我对FCS数据文件的理解

　　有两个标准，FCS2和FCS3（以及FCS3.1）。区别主要在于FCS3中的其他信息和关键字。

　　更重要的是如何将数据存储在FCS文件中。数据可以存储为“ I”，表示整数数据。在这里，这些值表示事件被测量的通道。重要的是，数据可以线性或对数存储。在后一种情况下，关键字（$ PxE）定义了对数刻度，该对数刻度用于在存储数据之前对其进行收集和对数转换。其他主要数据类型为“ F”。在这里，所有值都以浮点数据的形式线性存储。 FCS标准不允许以对数形式存储“ F”数据。因此。 $ PxE关键字必须为“ 0,0”。 FCS标准允许使用其他数据格式：“ A”表示Ascii数据，“ D”表示存储为double的数据。到目前为止，我还没有遇到过这样的文件，因此FCSalyzer不支持它们。数据可以与“增益”值（关键字$ PxG）关联。根据标准，增益表示在将数据保存到FCS文件之前对数据的放大。不幸的是，我无法在“用于软件测试的FCS集合”中的示例文件中正确理解该值的用法。有些文件似乎期望存储的值被乘以，有些则被$ PxG值除。我可能误会了他们。因此，FCSalyzer忽略$ PxG值。

　　数据可以用三种不同的方式存储（关键字$ Mode）。 “ L”表示事件列表。这是最常见的数据模式。 “ C”和“ U”用于将直方图存储在FCS文件中。我从未遇到过这样的文件。 FCSalyzer仅支持“ L”模式数据文件。

　　一个FCS文件可能包含多个数据集。 FCSalyzer仅支持文件中的第一个数据集。

　　BD流式细胞仪

　　CellQuest：CellQuest（CellQuest Pro）是用于FACScan，FACS Calibur以及其他细胞计数仪的采集软件。它以FCS2格式保存数据文件。 FCSalyzer可以很好地打开这些文件。这些文件中有一个错误：对数刻度（$ PxE）的定义通常设置为'4,0'，从技术上讲，这是FCS标准所定义的错误。该标准建议将该值视为“ 4,1”，FCSalyzer会这样做。

　　FACS Diva：FACS Diva是用于LSR-II，Canto，Fortessa等机器的采集软件。这些文件似乎可以正常打开。但是，在Aria-II上生成的“用于软件测试的FCS集合”中的一个示例文件定义了对数标度（$ PxE），即使它是浮点数据文件也是如此。在这些情况下，FCSalyzer忽略了$ PxE。

　　Accuri：FCSalyzer可以从Accuri C6打开FCS文件。

　　FACS分类软件：inFlux分类器上使用了此软件。原则上可以读取文件。但是，“用于软件测试的FCS集合”中的一个示例文件在参数“时间”中具有特殊的数字。时间戳从65062开始，增加到65535，然后下降到0，然后增加到文件中最后一个事件的1571。

　　Miltenyi Biotec流式细胞仪

　　MACSQuantify在MACSQuant上：

　　MQD文件：MQD是MACSQuant的本机数据格式。它们原则上遵循FCS格式，可以在FCSalyzer中打开。但是，数据存储的次数很少-通常在0到1之间。MACSQuant似乎在进一步处理之前将所有数据乘以1000，因此FCSalyzer会这样做。但是，我不确定我是否完全理解MQD格式。强烈建议用户验证MQSa数据文件是否按FCSalyzer的预期处理。

　　FCS文件：MACSquant也可以将数据导出为FCS文件。它提供了各种导出选项。建议用户仔细检查哪个选项最适合FCSalyzer。可以打开“用于软件测试的FCS集合”中的FCS文件。该集合包含三个FCS文件，这些文件似乎已从具有不同设置的相同数据中导出：

　　-“ FCS30”文件包含值为负无穷大的事件。 FCSalyzer将这些值更改为简单的零以进行数据显示。数据不会更改以进行计算。

　　-“ FCS30”和“ FCS31”文件的事件值大于相应参数的指示范围。 FCSalyzer将这些值更改为落在显示范围内。数据不会更改以进行计算。

　　-“ FCS30c”文件文件似乎没有任何问题。

　　由于未更改数据进行计算，因此统计信息和补偿可能无法提供预期的结果。强烈建议用户仔细检查导出的FCS文件是否在FCSalyzer中提供了预期的结果！