Advanced Pathway Painter(基因/蛋白质实验分析工具)

　　Advanced Pathway Painter是一款非常实用的蛋白质/基因生成与分析工具，可以为用户提供一个显示基因/蛋白质的实验平台，该程序提供可视化路径，用户可以直接在通路中显示来自基因和蛋白质实验的任何种类的定量数据(颜色代表数值)；KEGG，BioCarta和GenMAPP的自动途径更新；用户可以直接在途径内显示来自基因和蛋白质实验的任何种类的定量数据,途径项目与实验数据之间的联系是通过基因或蛋白质名称及其登录号完成的；此外，用户可以通过网络界面中的收集链接(直接链接)快速浏览基因/蛋白质，该程序仅包含软件GENOM 2005中的一小部分功能；需要的用户可以下载体验

软件功能

　　表格检视

　　APP为每个信号以不同的颜色显示数据，因此您可以快速浏览数据。

　　基因表达途径

　　此屏幕快照显示了已加载的路径，该路径直接与您已加载的数据结合在一起。

　　基因细节

　　在此屏幕截图中，您可以直接访问链接以获取有关查询的更多信息。

　　与其他程序不同，您可以单击链接直接访问结果页面，而无需填写网络表单。

软件特色

　　更新途径

　　从互联网轻松更新路径，而无需花费大量时间进行搜索。

　　分析功能

　　考虑到所选的测量单位，将计算并显示图像中所有已识别对象的面积，按下按钮Reset可以重新开始计算。

　　可以选择图像细节以进行更精确的分析，按住鼠标右键标记所需的图像细节，

　　在所应用的极限值表示中，可以直接单击感兴趣的对象。

　　计算出相应的面积，并以另一种颜色（红色）显示所选对象。

　　像素数显示在下方状态栏中，该值将在自动对象计数过程中使用。

　　此外，您还可以使用手绘工具来研究自定义区域。

　　按尺寸组输出确定的对象区域

　　此功能检查图像中所有确定的对象区域，并根据尺寸排列它们

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　5、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮

　　6、桌面快捷键的创建可以根据用户的需要进行创建，也可以不创建

　　7、现在准备安装主程序，点击安装按钮开始安装

　　8、弹出应用程序安装进度条加载界面，只需要等待加载完成即可

　　9、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

使用说明

　　密度

　　此函数计算从对象区域（所有识别的对象）到总图像区域的比例。按下计算按钮（仅在黄色/黑色模式下可用）以开始此过程。通常，它提供从对象区域（黄色和黑色）到确定区域（黑色）的比例。如果您确实标记了单个对象（通过单击鼠标），则将提供从标记对象到总对象区域（黄色和黑色）的比例。

　　可以自由选择使用的尺寸组的尺寸。为此，需要指定所需的像素数（结果区域值显示在方括号中）。然后，尺寸组的总数由图像的最大对象得出。

　　长度

　　可以通过按住鼠标左键来手动测量对象的长度。覆盖线的长度将显示在“ 长度 ”字段中，具体取决于定义的度量单位。所有测量值将同时添加到总计字段中。按下复位按钮以复位计算值。

　　要开始自动计算所有识别出的物体的长度，请按下计算按钮（仅以黄色/黑色表示）。结果，您将在图像上看到相应对象的轮廓（请参见植物根的长度确定一章）。）。同样，您可以在此视图中将手绘图工具用于自定义区域。

　　对象计数

　　使用此功能，可以自动计算所有识别的对象。可以通过使用选项“ 每个对象的最小像素数”和“ 每个对象的最大像素数”来减少对象的数量。单击单个对象以确定其像素数。

　　此功能仅在黄色/黑色表示中可用。按下显示对象按钮可以将所有计数的对象显示为红色。。此外，您还可以使用手绘工具来研究自定义区域。此外，可以通过使用鼠标右键来限制计数区域。如果要永久限制计数区域，请在菜单中选择选项“将对象计数限制在测量范围的范围内”

　　重叠对象的对象计数设置

　　可以通过比较对象表面或强度来分离重叠的对象。此外，还可以通过物体识别来分离圆形或椭圆形物体。

　　通过对象面积比较分离重叠对象

　　可以手动指定参考区域。规格以像素为单位。最好在黄色/黑色演示文稿中单击参考对象，以确定对象像素的数量并将其自动填充到相应的字段中。

　　指定参考区域的第二种可能性是确定对象区域的平均值或中值。

　　现在将满足第4.4章中描述的条件的所有对象与参考区域进行比较。整个除数将增加对象计数器，其余部分将根据相似性默认设置（滑动控件）进行处理。

　　通过强度比较分离重叠物体

　　计数重叠对象的另一种方法是使用对象强度。此选项可以单独使用，也可以与区域分隔或对象识别结合使用。完全重叠的对象因此可以分开计数，只要结果强度不同于单个对象的强度即可。

　　如果同时使用了两个选项（强度和对象区域），则按对象区域比较的分隔优先。这意味着只能通过强度比较来处理对象，而不能通过对象面积比较来分离对象。强度比较（所有物体的总强度，AVG和/或中位数）对平均物体强度的敏感度可以通过滑动控件进行控制。

　　通过物体识别（圆形或椭圆形）分离重叠物体

　　栅格的相交点数

　　在此确定对象与栅格的交点。栅格距离是可选的。例如，这用于确定Tennant之后的根长。（Tennant D（1975）对估计根长的修改后的线相交方法的测试）

　　切换到栅格模式

　　可以通过菜单项“选项”>“栅格宽度”来设置栅格参数。

　　计数的相交在栅格中标记为红色。按下“ 重置 ”按钮时，栅格将自动放置在图像上或更改图片。可以通过按鼠标左键删除栅格。也可以仅在图像的一部分内进行计数。用鼠标右键标记所需的部分

　　请选择选项>扫描方法>手动计数器。然后，您可以使用选项>标记指定标记的大小。这是一个圆圈，围绕单击区域绘制。可以在选项>标记>标记颜色上设置标记的颜色。

　　用鼠标左键单击相应的位置并标记计数器。如果您按下按钮撤消，则可以重置最后一次计数。如果要删除图像和计数器，请按复位按钮。