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aminoXpress(氨基酸分析分析)

 v7.7.0.0 官方版
  • 软件大小:2.61 MB
  • 更新日期:2020-10-15 17:50
  • 软件语言:英文
  • 软件类别:其它行业
  • 软件授权:免费版
  • 软件官网:
  • 适用平台:WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll
  • 软件厂商:

10.0
软件评分

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  aminoXpress是一款生物分析软件,可以帮助用户在软件上分析生物数据,支持氨基酸分析、复合分析、元素分析、碎片化、同位素剖面、分子量、数据库管理、序列等功能,用户可以直接在软件启动氨基酸分析分析模块,本模块有两个部分用于数据输入,对于某些氨基酸,如酪氨酸,由于其在水解过程中易被氧化的性质,其结果往往不准确。在未优化的残基中加入酪氨酸等氨基酸可以减少其对其它氨基酸优化的影响。在第一轮计算之后,可以根据误差输出在两个部分之间切换残差。氨基酸分析结果通常以其组成氨基酸残基的峰高或峰面积来表示,如果你需要分析生物数据就可以下载这款aminoXpress软件!

aminoXpress(氨基酸分析分析)

软件功能

  1.氨基酸分析:该模块计算氨基酸分析结果的最佳残基比。通过将水解过程中容易氧化的残留物输入“未优化残留物”部分,可以将对优化结果的影响降至最低。

  2.复合构建模块组成:该模块基于构建模块(氨基酸、片段)拥有离散的重量值这一事实来识别意外产品的身份。扫描它们的组合后,偏差最小的更有可能是衍生产品。

  3.消化模式:该模块通过用户定义的酶或化学模式预测消化产物。

  元素分析:该模块计算序列中不同元素的理论百分比。通过进一步输入每个元素的实验百分比组成,可以识别其经验公式和/或其聚集体。

  4.碎片化:该模块预测质谱中通过三种类型的键断裂产生的碎片:一氧化碳/一氧化碳、一氧化碳/碳氢化合物和碳氢化合物/碳氢化合物。生成的碎片可以直接导入到质量模块中,用于模拟质量分布模式。

  5.螺旋轮/网:这个模块显示和操作螺旋结构的顺序轮/网显示。

  6.同位素分布图:这个模块预测输入公式或序列的同位素分布图,以1到3的电荷变化的或模式

  7.Lib组合库:本模块预测组合库(如肽库)的质谱,以1-3电荷的或模式进行。直到最后一步才进行质量舍入,以确保准确性。此外,该模块将其预测能力扩展到有机文库:随机变体可以是氨基酸、片段或两者兼有。结果还包括随机的截面残余组合

  8.主题发现:该模块通过模式识别预测序列中潜在的药物活性位点。它有助于扫描预设模式或随机重复模式、潜在的药效团,以及展示相同生物活性的加载序列。

  9.分子量:这个模块计算肽和蛋白质的分子量。输入可以通过常规的序列方案进行,也可以通过构建模块如氨基酸和片段进行。替代方案使模块能够计算复杂分子的分子量,例如具有保护基团的肽、肽模拟物、长分子和分支分子等。原子量的进一步使用通常扩展了模块计算任何化合物分子量的能力。

  10.数据库数据库管理:这个辅助模块允许用户管理在这个程序中使用的所有数据库,如氨基酸数据库,片段附加数据库...等等。开放式设计允许用户根据他们的特定项目定制数据库。

  11.序列序列加载器:这个辅助模块允许用户将序列加载并解析到相应模块的入口部分。专家系统自动识别诸如侧链、环状结构、假替换和附加加合物的属性。

软件特色

  分子量

  该程序通过使用氨基酸、片段和元素作为构建块来计算化合物的分子量。双向输入协议使这个程序能够轻松地处理普通和复杂的序列。内置的肽智能可以正确解析大多数序列-环状的,分支的,等等。当序列变得太复杂时,按残基的交替输入协议开始生效。对元素原子量的强异常处理使这个程序能够计算自然界中任何分子的分子量。

  肽/蛋白质序列

  肽/蛋白质序列中的大多数构建基元是结构成分,只有某些片段是功能实体,通常称为活性位点或基序。传统的母题搜索通常需要输入现有的已知模式。从大量序列中提取公共模式是一项繁琐的工作。这个模块的设计是为了自动找出那些常见的母题,并根据出现的频率对它们进行排序。它特别适用于分析一组具有共同生物学功能的序列。

  在两种模式下构建:扫描和模式匹配。扫描模式是对一组具有相似生物学功能的序列进行扫描,但尚未发现共同的模式。模式匹配模式是传统的模式匹配,它只适用于已经识别出共同模式的模式。

  此模块最好与序列加载器模块一起使用,在该模块中,可以导入定界文本文件中的序列,然后对其进行分析。因此,来自其他数据库的序列可以很容易地接口。

安装方法

  1、打开aminoXpressSetup7700.exe就可以提示安装协议内容

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2、该程序可以以不同的模式安装。 请选择以下选项之一。

  标准多用户模式

  单用户模式

  USB记忆棒模式

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3、提示软件的安装准备界面,软件安装在C:\Program Files (x86)\AngelSystems.net\aminoXpress\HelpHTML

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  4、提示安装结束,点击finish就可以打开主程序

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  5、软件界面如图所示,如果你会使用aminoXpress就开始新建项目

aminoXpress(氨基酸分析分析)

官方教程

  示例:氨基酸分析

  为了找到以下实验结果的最佳氨基酸比例:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  通过氨基酸分析获得的肽样品:

  H-Ala-Phe-Ala-Lys-Phe-Tyr-Tyr-Phe-Glu-OH

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  1.输入要优化的残留物的名称,计数和峰高/峰面积信息。

  2.输入名称,计数和峰高/峰面积信息以优化残留。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  *允许使用空行,因此在第一轮计算后,可以根据残基的百分比误差在两个输入部分之间轻松切换残基。

  3.选择一种优化方法。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  4.单击执行按钮。

  5.样本条目的优化结果如下:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  “ *”表示未包括在优化中的残基。

  码库开关

  例子

  代码1> 3

  对于所有输入字段(包括序列),此命令会自动将氨基酸从一个字母代码切换为三个字母代码。

  代码3> 1

  对于所有输入字段(包括序列),此命令会自动将氨基酸从三个字母代码切换为一个字母代码。请注意,将三个字母代码转换为一个字母代码后,某些信息将会丢失。即D氨基酸不能再以一个字母代码来识别。

  代码库开关

  在代码库3下,顶部序列窗格的血管紧张素I如下所示:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  单击3> 1 按钮,顶部序列窗格更改为:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  MW模块残渣输入窗格更改为:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  如果单击1> 3 按钮,则反之亦然。

  构件组成

  例子

  如果综合产生了意外情况,这与设计有所不同,则此模块将有助于找出其身份。该计算基于以下事实:构件:残基,碎片具有离散的权重值。扫描它们的组合后,偏差最小的组合很可能是新产品。

  目标

  输入您想排序的分子量,并输入排序中允许的阈值。

  建筑模块

  输入构件的名称,例如氨基酸,片段或元素及其可能存在的范围:最小值。和最大 。如果范围不容易确定。然后可以将范围输入为:从“ 0”到结果的四舍五入,方法是将目标分子量除以相应的结构单元。然后,程序将对该构建基块执行全范围搜索。允许输入负范围。这样设计的目的是可能丢失一些结构单元,主要是片段,而不是添加到分子结构中形成副产物。

  有时,您可以故意增加Max的值。。因此也可以搜索高于理论值的峰。

  循环的?

  对于环状分子,请检查您怀疑在合成中形成的桥的类型:酰胺或二硫键,以及它们的最大可能数量。对于不包括的其他类型的桥梁,可以在“ Building Blocks”部分以负范围输入在桥梁形成中丢失的片段。即从-2到0。

  比赛清单

  积木的输出与输入分子量阈值内的分子量相符的组合。当序列变得复杂时,搜索结果通常包含多个匹配项,特别是如果将阈值设置得较高,则由用户来确定每个匹配项的合理性。

  方法

  选择您要用于排序的方法:

  组合扫描:用尽所有可能的组合以获得给定的范围,并检查是否匹配。

  蒙特卡洛(Monte Carlo):随机生成给定数量的随机样本并检查是否匹配。

  建议使用组合扫描,除非您尝试排序的组合的数量太大而无法在合理的时间内完成执行。

  执行力

  开始计算。

  明确

  清除所有条目和输出。

  停止

  终止计算。

  构件块组成

  范例1。

  靶肽的副产物:

  H-Ala-Ser-Phe-Tyr-Gly-Glu-Lys-Lys-OH

  已发现分子量:618.7。

  要查找此副产品的可能的构建基块组合,请执行以下操作:

  1.输入目标分子量和允许的错误阈值。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.输入名称中的构建模块,及其可能存在的范围:最小。和最大 。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3.如果怀疑发生环化反应,请输入桥类型:酰胺或二硫键,以及它们的最大可能计数。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  4.检查方法。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  5.样品输入的结果是:1Ala1Ser2Lys1Gly1Glu,它是缺失残基Phe和Tyr的缺失肽。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  数据库管理员

  例子

  该程序为用户提供了管理所有数据库中存储的信息的可用性。可以从所选数据库中添加,更改或删除项目。可以通过浏览数据库并双击感兴趣的项目来实现对项目的选择。

  3 <> 1个数据库

  该数据库在代码库3和代码库1中包含氨基酸缩写。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  氨基酸数据库

  该数据库包含每种氨基酸的重量信息。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  衍生数据库

  该数据库包含派生基团的信息。这些是片段或分子,可以导致修饰的产物,或仅导致质谱峰通过成盐等方式移动。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  摘要数据库

  该数据库包含消化中的切割模式。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  元素数据库

  该数据库在标准周期表中包含原子量信息。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  用户应格外小心,以修改此数据库中的值。如果修饰的目的只是为了使用给定元素的同位素之一。最好将同位素添加到“碎片附加”数据库中。用于处理两个数据库的算法几乎相同。

  作者谨向IUPAC表示衷心的感谢,他同意从以下地址重新发布标准原子量表(©1994 IUPAC):

  元素的原子权重,1993,Pure&Appl。化学 ,66,2423,1994。

  片段数据库***

  与氨基酸数据库类似,但有一些例外:附加重量是附加片段重量和替换片段重量之间的差。可能为负值。公式条目由两部分组成,两部分之间用“ /”分隔,“ /”前面是片段本身,“ /”之后是被替换的片段。即C端-OH被-NH2基团取代,分子式如下:NH2 / OH。如果附加组件是中性分子,例如HCl,则可以省略“ /”。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  缩写Ac和NH2保留用于Ac / H和NH2 / OH,这在N末端酰化肽或C末端酰胺肽中最常见。如果NH2在芳环上取代氢,则应使用不同的缩写,即NH2_h,则其公式条目为NH2 / H。

  序列数据库

  加

  将项目(从输入窗格中)添加到相应的数据库中。

  更改

  选择相应的数据库,浏览数据网格并双击感兴趣的项目,以将其现有信息带入条目窗格,进行修改,然后单击“更改”按钮。由于程序使用第一个字段(即缩写)作为标识字段,因此无法直接更改此字段。要更改身份字段,请将现有信息带到条目窗格中,删除此项。修改信息保留在“输入窗格”中,然后单击“添加”按钮。

  另外请注意,用户应更新给定实体的所有相关项目。例如,要更新氨基酸数据库中的丙氨酸,用户应更新以“ Ala”,“ A”等缩写标识的项目。

  删除

  选择相应的数据库,浏览数据网格并双击感兴趣的项目,以在“输入窗格”中显示相关信息,然后单击“删除”按钮。

  **始终为每个数据库保留至少一个条目以保持其完整性。

  ***片段数据库特别说明

  ·附加重量是附加片段重量和替换片段重量之间的差。可能为负值。

  ·片段的公式条目由两部分组成,两部分之间用“ /”分隔,“ /”前面是片段附件本身,“ /”之后是被替换的片段。即C端-OH被-NH2基团取代,分子式如下:NH2 / OH。如果附加项是中性分子,例如HCl,则可以省略“ /”。

  缩写:Ac和NH2保留用于Ac / H和NH2 / OH的替换情况,在N末端酰化肽或C末端酰胺肽中最常见。如果在其他类型的取代中使用相同的取代基,则片段附加数据库中应使用不同的缩写。例如,如果NH2取代了芳环上的氢,则缩写词可能类似于NH2_h,则其公式词条就是NH2 / H。

  示例:数据库管理器

  要将项目添加到数据库

  1.选择相应的数据库。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.单击清除按钮以清除条目窗格。

  3.输入相关信息。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  4.按添加按钮。

  更改数据库中的项目

  一种。非身份字段:

  1.选择相应的数据库。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.在数据库中浏览要更改的项目。双击该项目可将原始信息带入“输入窗格”。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3.进行修改,然后按更改按钮。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  b。身份字段:

  1.选择相应的数据库。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.在数据库中浏览要更改的项目。双击该项目可将原始信息带入“输入窗格”。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3.按Delete按钮将其从数据库中删除。

  4.修改条目窗格中保留的信息(从Bromelainnn删除“ nn”),然后按“添加”按钮。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  从数据库中删除项目

  1.选择相应的数据库。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.在数据库中浏览要删除的项目。双击该项目可将相关信息带入条目部分。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3.按删除按钮。

  4.如果您不小心删除了错误的项目,因为刚刚删除的项目的信息仍位于条目窗格中,只需单击“添加”按钮将其放回去。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  消化

  例子

  顺序

  可以通过三种方式将蛋白质或肽序列提交进行消化:a)使用Sequence Loader。b)直接输入序列。或3)从剪贴板粘贴。

  碎片

  通过选择的切割模式为进入序列生成的消化产物。

  选件

  方法选择存储在数据库中的酶或化学裂解方法。

  模式所选方法的裂解模式。您也可以直接输入模式。但是,如果以后要使用相同的分裂模式。建议您通过数据库管理器使用名称保存此模式。使用三个字母代码。一些例子是:

  Arg /

  Arg-XXX / Gly-Glu /

  “ /”表示参与切割的键。

  精确的分子量解析。

  执行力

  开始计算。

  明确

  全部清除。

  示例:摘要

  预测序列的消化产物:

  H-Ser-Phe-Leu-Leu-Arg-Asn-Pro-Asn-Asp-Lys-Tyr-Glu-Pro-Phe-OH

  1.输入顺序。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.选择一种消化方法。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  3.单击执行按钮开始预测。消化产品将在“碎片”网格中列出。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  如果片段由于显示限制而被截断,您可以双击感兴趣的行以在下面的详细信息字段中显示相应的信息。

  元素分析

  例子

  元素分析分为两个步骤:

  1)使用Exp。通过输入序列信息作为Element来检查组成是否未选中。,然后按Exec按钮,组成元素将显示在Exp。组成网格。理论百分比将显示在结果部分。

  2)随着经验。检查组成以激活预测模式,进一步输入实验百分比读数,然后按执行按钮,潜在的分子式将显示在结果部分中。

  元素

  输入符号和相应的元素计数。或使用序列加载器功能。单击Seq下箭头按钮时。目标序列的元素将被解析。如果涉及循环序列,请仔细检查状态栏以获取“解析信息”。在大多数情况下,解析器将正确识别桥类型,酰胺和二硫键。仅对于某些氨基酸的头尾桥,存在潜在的歧义,可能是酰胺或二硫键。

  经验 组成

  激活后,为每个元素输入实验百分比组成。

  目标FW如果已知目标配方重量,则例如从伴随质谱分析中输入该值。否则,输入“ 0”。

  聚集有时,几种肽的基质会捕获一个或几个小分子,即三个阿片样物质会捕获两个水分子。几种肽也可以形成二聚体或多聚体。该值是扫描范围内的最大聚集肽数。

  阈值%允许进行匹配过滤的公式权重偏差。如果仅涉及较小的添加剂分子(例如TFA,H2O),则设置较低的值。如果预期会出现潜在的删除或添加序列,请设置较高的值。

  执行力

  开始计算。

  明确

  清除所有条目和输出。

  停止

  终止计算。

  结果

  PreCalc模式:Exp。时。成分复选框未激活,将显示每个元素的理论百分比。

  扫描模式:Exp。成分复选框被激活,程序处于预测模式。除了目标配方中每种元素的组成百分比外,还列出了与实验组成匹配的预测配方。还提供了每个预测公式与相应目标公式之间的差异。

  示例:元素分析

  要分析肽的元素分析结果:

  H-Ser-Tyr-Ser-Met-Glu-His-Phe-Arg-Trp-Gly-OH

  哪里

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  1.输入元素的符号和相应的计数。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  2.如果残留物是通过Sequence Loader导入的,请检查状态栏的“解析信息”以查看是否为循环?信息已正确转换。

  3.单击执行按钮。每个元素的理论组成百分比将显示在“结果”部分中。将该结果与观察到的实验数据进行比较。如果它们不能很好地匹配,则转到下一步。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  4.通过检查Exp激活扫描模式。组成。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  5.输入实验结果。

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  和扫描参数

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  6.再次单击执行按钮。匹配公式显示为:

aminoXpress(氨基酸分析分析)

  上面从结果列表中突出显示的项目构成了2个分子的替代物,其中存在H2O丢失,可能表明形成了二聚体。

下载地址

  • aminoXpress(氨基酸分析分析) v7.7.0.0 官方版

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