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Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

 v8.14 免费版
  • 软件大小:56.4 MB
  • 更新日期:2020-07-29 09:37
  • 软件语言:英文
  • 软件类别:理科工具
  • 软件授权:破解版
  • 软件官网:
  • 适用平台:WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll
  • 软件厂商:

10.0
软件评分

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  Beacon Designer8提供引物设计功能,软件提供非常多的设计方案,可以直接在软件建立分析项目,可以在软件建立核苷酸分析,可以在软件建立NDA分析,支持使用分析ID的dbSNP快速检索批次序列,提供BLAST搜索,集成的BLAST搜索任何加载的序列,也可以使用NCBI的独立WWW BLAST服务搜索本地自定义数据库,支持信标和模板二级结构搜索,计算并查看折叠温度下可能的二级结构,在探针和引物设计中避免了这些结构,支持多种实验输出方案,支持GenBank,FASTA和dbSNP格式输出, GenBank和FASTA格式的文件可以包含多个序列,支持SNP加载,使用标准GenBank变异文件轻松一次在单个序列上添加SNP或加载数千个SNP,也可以选择突变加载,在HRMA模式下,支持所有类型的突变(插入,缺失,替换)进行引物设计,支持查看电子表格中的输出,可以在任何电子表格程序(例如MS Excel和Lotus123)中查看和操作结果,灵活的输出格式,输出文件的制表符分隔格式可以轻松地加载到任何数据库中。

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

软件功能

  Beacon Designer为SYBR®Green,TaqMan®,LNA加标TaqMan®,MethyLight,分子信标,NASBA®,Scorpions®,FRET和HRMA(高分辨率熔解)测定设计核苷酸。通过避免自动解释BLAST搜索结果而发现的交叉同源性来设计高度特异性的引物。该程序通过避免模板二级结构来确保高效杂交和高产量。 Beacon Designer通过跨外显子-外显子和外显子-内含子边界设计引物来避免gDNA污染。内含子和外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。 Beacon Designer评估预先设计的检测方法并设计兼容的寡核苷酸以扩展设计。它还为单管多重实验设计信标和TaqMan®。信标设计器提供以下主要功能:

  1、信标设计

  自动Tm调整-自动选择适当长度的茎,以实现最佳信标Tm。

  最佳信标-设计不含二聚体,重复序列并运行的分子信标,以提高信号强度。

  等位基因识别-设计用于检测野生和突变等位基因的分子信标。

  多重信标和引物-使用所有引物检查分子信标是否具有交叉同源性,以防止多重反应中的竞争。

  评估预先设计的信标-允许使用先前设计的信标作为搜索其他靶标上的引物/信标以进行多路复用的基础。

  Tm计算-高精度发夹Tm计算。

  快速闪电-一秒钟内即可处理平均cDNA序列。

  图形视图-显示所设计信标的图形视图。

  2、TaqMan®探头设计

  TaqMan®探针-设计最佳的TaqMan®探针,不含二聚体,重复序列和运行序列,以确保信号保真度。

  TaqMan®和引物的多重-支持多达四个序列的多重化,检查所有探针和引物的交叉同源性,从而防止多重反应中的竞争。

  预先设计的TaqMan®探针和引物-允许使用SYBR®绿色测定引物设计最佳的TaqMan®探针。

  算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻热力学值计算Tm。

  图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

  3、MethyLightTaqMan®探头设计

  MethyLightTaqMan®探针-设计最佳的MethyLightTaqMan®探针,不含二聚体,重复序列并运行以检测经亚硫酸氢盐处理的链中的任何一条。

  评估预先设计的MethyLightTaqMan®探针和引物-允许使用预先设计的引物来设计最佳TaqMan®探针。

  算法-使用高度精确的圣卢西亚最近邻热力学值计算Tm。

  图形视图-显示探针二级结构的图形视图

  4、LNA替代TaqMan®探针

  LNA替代TaqMan®探针-设计小长度,高Tm的最佳LNA替代TaqMan®探针,不含二聚体,重复序列并确保信号保真度。

  多重LNA替代TaqMan®探针和引物-支持多达四个序列的多重分析,检查所有探针和引物的交叉同源性,从而防止多重反应竞争。

  评估预先设计的LNA替代TaqMan®探针和引物-允许使用SYBR®绿色测定引物设计最佳的LNA替代TaqMan®探针。

  算法-使用Raymond Peterson博士给出的高精度校正值计算Tm,然后将其添加到SantaLucia最近邻热力学值。

  图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

软件特色

  1、FRET探针

  FRET探针-设计出不含二聚体,重复序列和运行序列的最佳FRET探针,以确保信号保真度。

  多重FRET探针和引物-检查FRET探针是否与所有引物交叉杂交,以防止多重反应竞争。

  评估预先设计的FRET探针和引物-允许使用SYBR®green引物设计最佳的FRET探针。

  算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居计算Tm热力学值。

  图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

  2、Scorpions®底漆设计

  Scorpions®Primer-设计最佳的标准引物,Scorpions®引物,Probe和Scorpions®,不含二聚体,重复序列和运行序列,可确保信号保真度。

  等位基因识别-设计Scorpions®来检测野生和突变等位基因。

  MultiplexScorpions®和引物-检查Scorpions®是否具有交叉同源性,所有引物可防止多重反应竞争。

  预先设计的Scorpions®引物-允许使用预先设计的探针/引物来设计最佳引物/探针和蝎子。

  Tm计算-高精度发夹Tm计算。

  图形视图-显示设计的Scorpions®Primer的图形视图。

  3、底漆设计

  设计引物-设计针对SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA应用优化的引物对。

  算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居热力学值计算引物Tm。

  引物等级-根据引物效率对引物进行排名。根据引物的热力学性质和二级结构筛选综合标准引物。

  自动引物多路复用-检查引物池中的同源性,以减少引物二聚体。

  预先设计的引物-允许将先前设计的引物用于信标,TaqMan®,FRET,HRMA和SYBR®Green分析。

  避免模板的二级结构-设计引物时自动避免模板中的二级结构。

  避免交叉同源性-通过自动避免使用BLAST发现的同源性来确保信号保真度。

  引物扩增子和探针BLAST搜索-BLAST搜索引物,扩增子和探针以验证设计的特异性。

  SNP扩增用于信标,TaqMan®,FRET和HRMA化学试剂的引物旨在扩增SNP。 SYBR®Green引物的设计应使区分等位基因的核苷酸位于其中一种引物的3'末端碱基处。可以将HRMA分析设计为扩增SNP和所有其他类型的突变,例如取代,缺失,插入等。

  一致的条件-运行中的所有引物均针对相同的PCR反应条件进行了优化。

  4、爆炸搜索

  选择性cDNA扩增-通过设计跨外显子/外显子和外显子-内含子边界的引物来避免gDNA污染。外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。也可以手动指定它们。

  BLAST搜索-BLAST搜索整个序列,设计引物和扩增子以显现特异性。

  BLAST数据库-使用独立的BLAST搜索本地自定义数据库,或直接连接到NCBI服务器以获取公共数据库。

  重复和低复杂度区域-优化BLAST搜索参数以在搜索NCBI可用的基因组数据库时检测重复和低复杂度区域。

  BLAST结果视图-提供在序列,引物对,扩增子和探针上搜索BLAST的结果视图。

  5、数据库和数据管理

  设计模式-Beacon和TaqMan®设计位于不同的模块中:允许在运行时进行模式切换。

  项目-创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目,可以轻松管理多个实验的数据。

  应用程序数据库-维护用于序列信息和搜索结果的本地数据库。

安装方法

  1、打开BD814Installer.exe直接启动软件,提示安装界面

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  2、在软件上查看协议内容,点击接受

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  3、提示软件的安装提示,点击next

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  4、软件的安装地址C:\Program Files (x86)\Beacon Designer 8.14

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  5、提示软件的安装进度,等待软件安装完毕

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  6、提示软件的安装结束界面,点击finish结束安装

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破解方法

  1、打开patcher文件夹,将补丁复制到软件安装地址

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  2、输入在命令界面输入java -jar patcher.jar就可以加载补丁

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  3、启动主程序就可以正常使用

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  4、Beacon Designer在设计引物时避免了交叉同源,重复和低复杂性区域。 它解释BLAST搜索结果,以确定所选序列的相关交叉同源性。 您可以在“交叉同源性”窗口中查看相关的交叉同源性,方法是选择“视图”>“交叉同源性”,或在“高炉信息”选项卡中单击“按钮”。

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  5、反应条件

  Beacon Designer根据标准反应条件设计最佳引物。 您可以通过选择工具>反应条件来查看和更改反应条件。

  以下是默认的反应条件:

  核酸浓度:TaqMan®/信标/ FRET设计模式的默认值为250 nM,而SYBR®Green和HRMA底漆设计模式的默认值为100 nM。 核酸浓度是指根据Rychlik等的反应混合物中退火寡核苷酸的浓度。 (核酸研究,第18卷,第21号)。 因此,它指的是SYBR Green和HRMA化学试剂的浓度。 对于基于探针的化学试剂,是指引物和探针的浓度。

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  6、添加用户定义

  使用Beacon Designer,可以将设计参数另存为模板。 可以一次又一次地应用相同的模板,而无需在每次分析时都填写我们的参数。 还提供了添加/删除/编辑模板的功能,该模板可用于同一序列或同一项目的任何其他序列。

  要添加用户定义的参数模板:

  1)转到工具>用户定义>添加。

  2)启动“添加用户定义的参数”窗口。

  指定名称和参数。 单击添加。 搜索模板将添加到模板列表中。

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  要删除用户定义的参数模板:

  1)转到工具>用户定义>编辑/删除。

  2)显示已添加模板的列表。 选择要删除的模板,然后按“删除”。 添加的模板将被删除。

  要编辑用户定义的参数模板:

  1)转到工具>用户定义>编辑/删除模板。

  2)选择要编辑的模板,然后按编辑。 更改必要的参数,然后按Update。

Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

  7、默认项目位置:默认情况下,项目保存在产品安装目录中的BDProjects文件夹中(对于Windows为C:\ Program Files \ Beacon Designer \ BDProjects和对于Mac为/ Beacon \ Designer \ 7.5 / BDProjects)。 您可以通过指定一个新文件夹来更改此文件夹的默认位置。

  文件选择器:

  对于Mac:您可以使用自己选择的“文件选择器”对话框。 可用的选项有(1)特定于OS和(2)自定义。

  选择“特定于操作系统”时,将显示本机Mac文件选择器对话框。

  选择“自定义”时,将显示作者定义的自定义文件选择器对话框。 单击演示以查看所有这些。

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  8、互联网设置

  该程序支持直接Internet连接和通过代理服务器的Internet连接。如果您的组织有机构防火墙,则在将您连接到Internet之前,该程序可能需要经过代理服务器。代理服务器充当内部网络(Intranet)和Internet之间的中介,用于从远程Web服务器检索文件。要将程序设置为可与代理Internet连接一起使用,请从“在线”菜单中选择“ Internet设置”。您有两种选择,使用代理服务器或自动配置脚本:

  选中使用代理服务器选项。

  a。在地址下添加代理服务器的主机名或IP地址。

  b。在“端口”下添加代理服务器的端口号。

  C。单击确定以保存设置。

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  9、开放序列

  序列可以直接从Entrez,dbSNP或本地驱动器上保存的文件中打开。

  Entrez的开放序列

  信标设计器提供对Entrez的在线访问。 使用此Web集成功能,可以直接从Entrez检索序列。

  1.选择File> Open> Sequence> From Entrez或单击工具栏中的按钮。 输入登录号/ GI号。

  2.您可以一次打开多个序列。 要打开多个序列,请键入或粘贴以逗号,制表符或换行符分隔的登录号/ GI号列表。

  例如,您可以在打开的序列窗口中键入以下登录号:AJ300450,Y13051,AB036365,然后单击“确定”。 保藏号或GI号可以用逗号或制表符分隔,或每行输入一个数字。 下载的序列将出现在序列信息表中。

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  • Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件) v8.14 免费版

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